- Le funzioni che riguardano le RNN sia per la creazione dei dati che
per la predizione piu' varie funzioni accessorie sono tutte dichiarate 
in rnn_util.h. Queste sono le funzione che lo standalone program, nel
modo che puoi controllare in un file copia di disulfind.cpp
(disulfind-conn.cpp, cirectory corrente). Sostanzialmente ho commentato 
le parti che riguardano il kernel e viterbi, che non mi compilavano.
Puoi compilare disulfind-conn con le usuali
- make depend; make 

Se leggi il file, trovi 2 forme di commenti:

/*** DECOMMENT ***/
...
/*****************/
significa che ho commentato le parti scritte da te, ovviamente da
uncommentare.

/*** Alessandro: ... ***/
...
/***********************/
sono statements che ho aggiunto sia per la BRNN (stato di legame)
che per la RNN per i ponti.

- Ho assunto che i dati del predittore di connettivita' vadano in 
$rootdir/Models/conn/. 

- Ho cambiato nomi di file qua e la per rendere tutto piu' chiaro. 
Per esempio, i files della brnn cominciano per 'brnn' (brnnconfig, 
brnnmodel, ...), i files per la RNN con 'rnn', etc. Dovresti ricontrollare 
che i files che ci passiamo matchino fra di loro, mi sembra di si.

- TEST.
Ho potuto testare solo il predittore di connettivita' assumendo
di avere le predizioni di viterbi. La parte di predizione dello
stato di legame con BRNNs (creazione dati/predizione), va uncommentata
e testata. Se c'e' qualche problema sulla parte di predizione lo posso 
risolvere velocemente.

Puoi effettuare un test tu stesso lanciando:
~# sh test.sh
Questo lavora nella directory test ove ho ricreato directory Models, 
Predictions, Pssm per controllare i nomi di files specificati all'inizio 
del programma. Troverai le predizioni sotto test/Predictions/Connettivity.
Il test assume che ci sia lo stato di legame predetto per le queries
in test/Predictions/BondingState/Viterbi.

- L'output del programma non contiene piu' inutili spazi e caratteri che
complicano il parsing. Ad esso va aggiunto in coda la parte di programma
che formattera' l'output per l'utente.

That's it, lemme know ...


